質問

以前５０万借りました。今残高４０万残っています。限度額は４０万円に減額してもらった方がいいのでしょうか？

どんな理由で限度額を減らすのか？
住宅ローンでも組むのであれば関係してきますが、借金を無くす為。使い込みを減らす為には良い事です！

そうですよね？減額してもらいます！それから信用機関で使っていなくても、カードをもってるだけで使っているとみなされてしまいますか？

そうです。
契約されているだけでも枠情報は情報機関に残ってますので、銀行をいじるなら邪魔になる場合が有ります。
使ってないなら枠を減らす契約も印象は良くなります。