竹や木の簡をすだれのようにつないだのが当時の文書ですが、それを内向きに巻いて紐で縛り、結び目を粘土で固めるのが封印の方法でした。
で、結び目に盛る粘土（封泥）に押しつけて刻印するのが当時の印の役割です。簡に朱肉で押していたわけではありません。

>>50
孫堅が見つけたとされる伝国の玉璽自体は、代々の皇帝に伝わる宝物であり、実際に使われるものではありませんでした。日本でいう三種の神器みたいなイメージですかね。
で、実際の皇帝の文書などに使用されるのが「皇帝六璽」と呼ばれる６種類の印璽であり、用途・相手により使い分けてたそうです。この六璽も玉で作られてたようで、史料中でも伝国璽と六璽で混乱することもあるようです。
使い方は>>51でＴＳさんが説明されているとおり封泥です。西洋の映画とかで、手紙の口を蝋（？）で固めてハンコ押す場面たまにありますよね。あんなイメージです。

印璽は、皇帝の玉璽以下、諸侯王から各官職までそれぞれ地位に応じたものを与えられてました。実際の使用に加え、その身分を示すものとして身につけていたようです。今でいう身分証明書的存在でもあったようです。